No hay diferencia histológica entre los carcinoides que surgen en diversos sitios o entre lesiones metastásicas o no metastásicas. Los tumores carcinoides son tumores neuroendocrinos compuestos de células uniformes, redondas o poligonales. La inmunohistoquímica revela la presencia de enolasa específica a las neuronas (NSE, por sus siglas en inglés) y cromogranina. El microscopio electrónico muestra gránulos neurosegregantes. Las características morfológicas observadas ocasionalmente y que indican que es maligno son (el pleomorfismo celular, núcleos hipercromáticos, necrosis, actividad mitótica alta). Tales casos se designan como carcinoides atípicos y generalmente tienen un curso clínico agresivo. Los carcinoides se clasifican según su relación embriológica al protogastrio (la parte anterior del canal alimentario, desde la boca al intestino o a la entrada del conducto biliar) intestino medio (la parte media del canal alimentario, del estómago o entrada al conducto biliar, hasta o incluyendo el intestino grueso), o el intestino posterior (la parte posterior del canal alimentario , la cual incluye el recto y algunas veces el intestino grueso) que se relaciona al comportamiento clínico y la secreción o no secreción de varios péptidos neuroendocrinos. Los carcinoides proximales podrían segregar péptidos similares a las histaminas que ocasionan un drenaje rosado y broncoconstricción. Las secreciones péptidas de los carcinoides del intestino medio, causan un drenaje cianótico (medio morado) diarrea e hipotensión. Los carcinoides del intestino posterior, generalmente no segregan péptidos generadores de síndromes.

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