Es una segunda infección que se presenta durante o después del tratamiento de una infección primaria y que puede originarse por el tratamiento en sí o por alteraciones del sistema inmunológico.

Por ejemplo, una infección por levaduras que se presenta después de un tratamiento con antibióticos de una infección bacteriana es una infección secundaria. Otro ejemplo es el desarrollo de una neumonía bacteriana posterior a una infección respiratoria viral de las vías aéreas superiores.